Das Monitoringprogramm zur Erfassung von Neobiota umfasst 9 Stationen an der Nordsee- und 8 Stationen an der Ostseeküste. In Mecklenburg-Vorpommern werden die 5 Standorte Wismar, Rostock, Stralsund, Saßnitz und Kamminke beprobt. Es werden die Arten des Makrozoobenthos und Makrophytobenthos erfasst.
Die Untersuchung umfasst die sog. Schnellerfassung (Rapid Assessment) vor Ort sowie die Exposition von Besiedlungsplatten. Bei der Schnellerfassung werden künstliche und natürliche Substrate (Hart- und Weichböden) mit verschiedenen Geräten 60 Minuten lang beprobt. Die Besiedlungsplatten dagegen werden an den Standorten 3-4 Monate ausgebracht und danach auf ihre Besiedlung hin untersucht.
Alle vorgefundenen Neobiota werden dokumentiert und die Funde der zentralen Informations- und Meldeplattform des Bund/Länder-Ausschusses für Nord- und Ostsee (BLANO) für marine Neobiota gemeldet. Die gewonnenen Daten werden von der Plattform gesammelt und ausgewertet.

Das Landesamt für Landwirtschaft, Umwelt und ländliche Räume Schleswig-Holstein hat in der Broschüre „Neobiota in deutschen Küstengewässern“ alle bis Juli 2014 in den deutschen Küstengewässern der Nord- und Ostsee nachgewiesenen Neobiota dokumentiert.